O doutor Pontes era cavalleiro da ordem de S. Bento de Aviz, sacio da academia das sciencias de Lisboa e escreveu:
— Construcção e analyse das proporções geometricas e experiencias praticas para servirem de fundamento á construcção naval. Traducção do inglez. Lisboa, 1798 — com 4 estampas. Foi a unica obra que publicou em sua vida e posteriormente só foi publicado
— Diario das explorações que fez desde o rio Branco e suas cabeceiras na provincia do Pará até as cabeceiras do Sararé, Juruéna, Guaporé e Jaurú. S. Paulo, 1841 — Sahiu com o Diario de seu collega, o doutor Lacerda. Na exposição de historia patria a bibliotheca nacional apresentou o manuscripto desta obra, e outros do mesmo autor sobre suas viagens e explorações, a saber:
— Diario da diligencia e reconhecimento das cabeceiras dos rios Sarará, Guaporé, Tapajoz e Jaurá que se acham todos debaixo do mesmo parallelo sa serra dos Parecis, em dezembro de 1789 — remettido com uma carta geographica, illustrada de notas, descobrimentos de rios desconhecidos, etc. ao capitãe general L. de Albuquerque e Mello.
— Breve diario ou memoria do rio Branco e de outros que nelles desaguam, consequente a diligencia — com um mappa do mesmo rio, e assignado tambem pelo engenheiro Ricardo Franco de Almeida Serra.
— Memoria physico—geographica, acompanhada de um plano das lagoas Gayva, Uberava e Mandiorem, que offerece ao senhor doutor Alexandre Rodrigues Ferreira, naturalista ao serviço de sua magestade, etc. — datada de 29 de maio de 1790. 1 fl. e 14 pags.
— Diario da viagem que fez o doutor Pontes ao tirar a configmação do rio Guaporé, 1783, 31 fls, — seguido do « Diario da viagem que fez s. ex. (a capitão general L. de Albuquerque e Mello) aéompanhado dos commissarios, officiaes engenheiros e doutores astronomos, etc., ao cume da serra qu fronteia a villa, viagem feita em 1782.»
— Diario da viagem do reconhecimento da cabeceira principal do rio Barbados, feita em novembro de 1783, 22 fls.
— Diario da diligencia e reconhecimento do rio Paragaú e rio Verde por ordem do illm. e exm. senhor Luiz de Albuquerque e Mello Pereira e Caceres. 43 fls, — datado de 26 de março de 1789.
— Relatorio de uma parte do rio Paraguay e das lagoas Uberava e Gayva — datado de 20 de agosto de 1787 e assignado tambem por Francisco José de Lacerda e Almeida e R. F. de Almeida Serra. Deve vem um extracto no exame de uma parte do rio Paraguay, etc. por A. Leverger em 1847.
— Noticias do lago Xerayes, 10 fls. — O doutor A. Rodrigues Ferreira possuia o manuscripto que pertence hoje a dona Joanna T. de Carvalho. Ha ainda, de sua penna :
— Considerações sobre o manifesto de Portugal aos soberanos e povos
