A Junta conservou-se, no meio de difficuldades, e de riscos, bem como as outras que se estabelecerão em differentes terras do Reino, até que se organizou no Porto a Junta do Governo Supremo, a que todas adirão por bem da unidade gobernativa.
Nestes tempos calamitosos, a que se seguirão as invasões francezas, e ainda depois dellas até o anno de 1817 me conservei or na minha patria, ora em algum dos mosteiros da provincia, empregado nos meus estudos, e no serviço da minha Congregração. Então hé que compuz a Apologia de Camões, que se imprimio em 1819, o Glossario das palavras e frases francezas &c. que depois tambem se imprimio nas Collecções Academicas, &c.
Em 1817, havendo-me el Rei D. João 6.º (então no Brasil) conferido a propriedade da cadeira de Filosofia Racional e Moral do R. Collegio das Artes da Universidade de Coimbra, voltei a Coimbra a cumprir, na Regencia della, a minha obrigação.
Este honroso despacho deo occasião a dizerem alguns, que por elle ficava eu excluido das Cadeiras da minha Faculdade. Recorri ao Rio