Poucos dias antes da batalha dos Guararapes assumira o comando supremo dos pernambucanos o general Francisco Barreto de Menezes, mandado do Reino a este fim. O estado em que achou as cousas descreve assim um historiador destes feitos, arauto enfático de Vieira: “Sem armas e soldados venceu [Vieira] o inimigo que o buscava com soldados e armas na batalha das Tabocas. Depois unido com o mestre de campo André Vidal de Negreiros ganharam a vitória ao flamengo no engenho de d. Ana Pais, e nove fortalezas, com outros redutos e casas fortes; perto de oitenta peças de artilharia de diversos calibres, a maior parte de bronze; armas, munições e petrechos de guerra em tanta quantidade quanta bastou para sustentar a guerra viva em cinco anos contínuos”.
À primeira seguiu-se a segunda batalha dos Guararapes, em 19 de fevereiro de 49, com o mesmo resultado contrário aos flamengos. Depois dela não houve mais combates notáveis por terra nem por mar. A Companhia estava exausta, apesar dos largos subsídios dados pelos Estados Gerais. Dentro em pouco estes não puderam mais auxiliá-la, envolvidos em guerra contra a Inglaterra. Em compensação Portugal organizara uma companhia de comércio que apareceu na costa pernambucana por dezembro de 53. Os patriotas puseram-se de acordo com ela, como outrora a gente da Bahia com a armada de d. Fadrique de Toledo; o almirante português desembarcou no rio Tapado, o primeiro ponto em que Weerdenburgh tentara o desembarque, e em Olinda combinou com os chefes pernambucanos a marcha a seguir.
Um a um foram caindo os fortes holandeses; a 26 de janeiro de 54 assinava-se a capitulação da Taborda, e terminava esta guerra, levada quase sem interrupções durante trinta anos.
O desfecho fora previsto e publicado anos antes por Pierre Moreau, natural de Charolais, na Borgonha, que passara algum tempo entre os holandeses, em Pernambuco. Suas palavras patenteiam algumas das mais profundas