Sobre o modo de administração de toda esta gente informa-nos a folha geral do estado, organizada em 1617.
Subiam todas as despesas públicas a cinqüenta e quatro contos, cento e trinta e oito mil, duzentos e noventa e oito réis, repartidos pelas quatro rubricas de igreja, justiça, milícia e fazenda.
Constituía todo o país uma só diocese; o Bispo assistia na Bahia com o Cabido; dois administradores, um para as capitanias do Norte e estabelecido na Paraíba, outra para as capitanias do Sul e residindo no Espírito Santo, seguiam-se em hierarquia; cada capitania formava uma freguesia, com seu vigário e coadjuntor, exceto a de S. Vicente, que contava as vigararias de Itanhaém, São Vicente, Santos e São Paulo; a de Espírito Santo, com as de Vitória e E. Santo; a da Bahia com as de Vila-Velha, Santo Amaro, S. Iago, Peruaçu, Paripe, Matoim, N. S. do Socorro, Sergipe do Conde, Taparica, Passé, Pirajá, Cotegipe, Tamari e Sergipe del Rei; a de Pernambuco com as de Olinda, São Pedro, Recife, S. Lourenço, Igaraçu, S. Antônio, Várzea, Moribeca, S. Amaro, Pojuca, Serinhaém e Porto Calvo; a de Itamaracá, com a da ilha e a da Goiana. A todo este pessoal o governo pagava ordenado e ordinária para a celebração do culto; para isso o rei arrecadava o dízimo, como grão-mestre da Ordem de Cristo.
Havia colégio de jesuítas, conventos Capuchos, Carmelitas ou Beneditinos na Bahia, Rio, Espírito Santo, Pernambuco, e todos recebiam auxílios sob diversas formas, em gêneros ou dinheiro. Quase todas as capitanias sustentavam casas de misericórdia, que o governo socorria.
À frente da justiça estava a Relação instalada na Bahia com um numeroso pessoal de desembargadores, ouvidor-geral, etc.; nas capitanias reais parece que a jurisdição de primeira instância cabia aos juízes ordinários, renovados anualmente; as dos donatários possuíam ouvidores que muitas vezes eram os próprios capitães-mores: pouco informa a este respeito a folha geral.
Encabeçava o corpo da fazenda o provedor-mor, estabelecido na capital, a quem estavam subordinados em