A 14 e 21 de Janeiro de 1894 recebeu o Subdiaconato e Diaconato na Capella do antigo Collegio dos Jesuitas, onde fuccionava o Seminário Olindense, das mãos do Ex.mo e Rv.mo Snr. D. Francisco do Rego Maia, que acabava de chegar de Roma sagrado Bispo da novo Diocese de Nicteroi.
Logo em Fevereiro deixou Pernambuco, acompanhando D. Maia ao Sul, indo com elle morar em Nova-Friburgo, visto que a episcopal Cidade de Nicteroi estava transformada em praça de guerra devido á revolta naval. Em Nova-Friburgo terminou seus estudos sob a direcção do Ex.mo Snr. Bispo e de um Padre Jesuita do Collegio Anchieta, ordenando-se Sacerdote na Matriz d’aquella Cidade à 19 de Agosto de 1894, e celebrando no dia seguinte sua Primeira Missa na Capella de N. S. das Dôres do Collegio das Irmãs de Santa Dorothéa.
Em 1895 a Santa Sé transferiu a sede do Bispado de Nicteroi para Campos dos Goytacazes e Mons.or Affonso Pequeno acompanhou o Prelado á nova sede.
Em 1896 foi vice-Reitor do Seminário da Sagrada Familia, que neste anno o Snr. Bispo abriu sob sua immediata direcção e em seu proprio palacio.
Em fins de 1887, tendo a Santa Sé transferido de novo e Sede e tambem o Titulo do Bispado de Nicteroi para Petropolis, nova Capital do Estado do Rio de Janeiro, foi o Mons.or Affonso Pequeno, como secretario particular de D. Maia morar naquella formosa cidade.
Achava-se passando o inverno de 1899 com sua familia no Icó, quando o Bispo de Petropolis, de volta do Concilio Plenário da America Latina, veio ao Ceará e foi até alli em visita á familia do seu secretario, entregando-lhe nesta occasião o titulo, com que o Santo Padre o agraciara, de Monsenhor Camareiro Secreto de Sua Santidade.
No anno seguinte indo D. Maia ao Congresso Catholico da Bahia e á Roma em Peregrinação do Anno Jubilar, Mons.or Affonso Pequeno ficou seis mezes governando o Bispado. Exercia este cargo, quando foi nomeado por um Rescripto de 7 de Agosto de 1900 Prelado Domestico de Sua Santidade
