«... mas como natural e amigo d'esses reinos e por bem d'elles vos desservirei em tudo o que puder, porque todo o desserviço e nojo que fizer a vós vem a essa terra e gente d'ella assim grandes como pequenos, os quaes praza a Nosso Senhor livrar da sujeição e captiveiro em que vivem, e de mim digo que serei sempre tal inimigo como devem de ser todos os bons...»
O processo subiu concluso perante o rei em Relação com os do seu Conselho e Desembargo, sendo proferida sentença condemnatoria a dez de junho de 1485, dada na villa de Portel:
«... condemnamos, e mandamos onde quer que fôr achado, e tomado, e comprehendido dentro em estes Reinos, e seus Senhorios, e em qualquer Cidade, Villa, ou Lugar d'elles, logo morra cruel morte natural, e seja esquartejado, e seus quartos de seu corpo sejam postos nas portas da Cidade, Villa, ou Lugar onde fôr preso, e a sua cabeça seja posta no Pelourinho: e isto sem elle mais ser ouvido, nem requerido, visto como este maleficio é claro, e notorio, e que elle principalmente e primeiro o commetteu, tratou, conspirou a dita maldade, e traição: e havemos todos seus bens moveis, e de raiz, e assim os da Corôa do Reino, se os trazia, e os patrimoniaes, e declaramos por confiscados e applicados á Corôa Real d'estes nossos reinos, a que direitamente pertencem.»
Dois annos depois, ainda Fernão da Silveira estava em Castella, protegido pelos reis catholicos, que se recusavam a entregal-o a D. João II.