Depois que o governador mandou o capitão Francisco Caldeira de Castelo Branco com o socorro ao Maranhão, e soube o sucesso da morte do capitão Baltazar de Aragão na Bahia, pela qual nela sua presença mais necessária, deu uma chegada, e não esperou que o fossem receber com pálio e solenidade, como se soe fazer aos governadores quando vem, mas secretamente, com só um criado se foi meter em casa, dizendo que o fazia por sentimento da morte de Baltazar Aragão.

O dia seguinte foi à Sé. O primeiro dia que foi presidir a relação fez uma prática aos desembargadores à cerca das queixas, que deles tinha ouvido, de que não ficaram mui contentes, e se as de ouvido lhes não ficaram no tinteiro, menos lhe ficou depois alguma, se a viu, que logo a não repreendesse.

É incrível o cuidado com que Gaspar de Souza vigiava sobre todos os ministros, e ofícios de justiça, e fazenda, da milícia e da República, sem lhe escapar o erro ou descuido do almotacé, ou de algum outro, que não emendasse. Esta era a sua ocupação, não jogos e passatempos, com que outros governadores dizem evitam a ociosidade, os quais ele desculpava, dizendo que teriam mais talento, pois com lidar, e trabalhar de dia, e de noite, nas coisas do governo confessava de si, que não acabava de remediá-las, mas foi pouco venturosa a Bahia em não o gozar muito tempo, porque não havia estado nela quatro meses, quando foi chamado a Pernambuco, pelo recado de el-rei, que lhe veio à cerca do Maranhão, e assim fez uma junta, ou vistoria na Sé com os desembargadores, e oficiais da fazenda, da Câmera, e da arquitetura, sobre se a derribariam, e fariam de novo, ou reparariam somente o que estava arruinado que era um arco da nave, uma parede, e o portal principal, e posto que o seu voto era que só se reparassem as ruínas, acrescentasse a capela-mor, e se fizesse um coro alto, que ainda não havia; contudo os mais votos foram que se fizesse de novo, como se começou a fazer, para tarde ou nunca se acabar; com isto se embarcou o governador para Pernambuco, e ficaram governando a Bahia o chanceler Rui Mendes de Abreu, e o provedor-mor da fazenda Sebastião Borges, como dantes.