Ao tempo destes acontecimentos, cuja importância talvez escape ao leitor L' indiferente, que não perscruta os arcanos da história, nem se ocupa do encadeamento dos fatos, ainda a leal cidade de São Sebastião não tinha bispo, e muito menos capelão-mor.
Mas por isso não deixava o povo fluminense de ser menos religioso, do que é hoje em dia; nem também de grassar pela recente colônia essa lepra social, que chamam com a maior propriedade de "lazarismo", e que vai cada vez mais carcomendo a consciência da grande cidade imperial.
Era então administrada a igreja fluminense por uma simples prelazia criada desde 1557 por breve de Gregório III; e no ano de 1659 ocupava esse cargo o Doutor Manuel de Sousa e Almada, presbítero do hábito de São Pedro.
Nomeado por provisão de 12 de dezembro de 1655, tomara posse em julho de 1659, e sem apresentar o seu titulo de nomeação entrou a exercer a jurisdição eclesiástica na diocese, com aquele escândalo do abuso, que tão bem aclimatou-se cá na terra.
Era o Doutor Almada um padre às direitas. De mediana estatura e bem apessoado, envergava a batina e os hábitos talares com uns modestos ademanes que dão o cunho à elegância eclesiástica. Também não havia quem no altar fizesse com tanta graça uma genuflexão, nem suspendesse o sagrado cálice.
Doce e mansueto, sempre envolto em uma cordura que o vestia como sobrepeliz, o canônico doutor nunca se alterava. Assim deixou lama de sua grande habilidade e prudência, do que se encontra notícia no almanaque histórico do Rio de Janeiro, interessante crônica de Duarte Nunes, tenente de bombeiros desta capital no fim do século passado. Felizmente ainda não havia a praga das gazetas; do contrário com a labutação de escrever notícias de incêndios, em louvor próprio, não teria o homem folga para esmerilhar antigualhas.
Voltando ao nosso doutor, havia quem dissesse que, sob aquele bioco de alfenim que lhe açucarava o risonho semblante, dormia uma cólera fradesca, terrível em suas explosões; e tanto mais para temer quando, receosa do escândalo, ela subtraia-se a todas as vistas para estrebuchar em segredo, escondendo os seus esgares.
Destes acessos, parece que lhe ficava uma raiva fria e cruel, que ele embainhava no coração. Era como a brasa de ferro que se bate na forja, e da qual se tira a lâmina fina e buída do estilete.
A verdade é que o novo prelado da igreja fluminense, no seu fervor de curar do rebanho e granjear o amor de suas ovelhas, se houve por modo que anos depois os cariocas, já bastante edificados por suas virtudes, assestaram-lhe contra a casa uma peça de artilharia, devidamente escorvada, com a mecha acesa, e calculada para dar tempo aos autores da graça de se porem ao fresco.
Isso corre por conta do tenente de bombeiros, que não nos diz se do tiro resultou incêndio, nem se antes deste declarado já tinha ele comparecido. Apenas sabemos que o canônico doutor escapou da entrosga, e como lhe cheirasse a cousa a chamusco, foi tratando de passar-se a Portugal, privando assim esta ingrata cidade do espetáculo de suas virtudes.
Apenas mitrado, isto é, empossado da mitra que lhe conferiu o breve do Santo Padre, deu o Doutor Almada a amostra do pano de que era feita a sua batina.
Refogado na soberba que o clero opunha naquele século ainda à decadência de sua antiga primazia, imbuído nas falsas doutrinas consagradas pela bula da ceia, o Doutor Almada, como em geral os sacerdotes daquele tempo e muito mais os prelados, julgava-se revestido de um poder superior a toda autoridade temporal, qualquer que fosse a sua jerarquia.
Recebendo do rei a graça e mercê de sua nomeação, entendia que, uma vez provido, escapava à mesma jurisdição da qual lhe provinha o cargo; e não só isso, mas que lhe competia incontestável proeminência e censura sobre a coroa e seus ministros para defesa da religião católica,
O prelado fluminense, e como ele os mais, acreditava-se ingenuamente revestido de autoridade para excomungar qualquer ministro secular, e até o próprio rei, se o embaraçasse no exercício de sua jurisdição eclesiástica. É verdade que nem por sombras se lembrara ele de jamais desembainhar o seu gládio espiritual e afrontar-se com a própria coroa, contentando-se em arranharlhe o braço secular na pessoa de seus ministros. Tinha o clero de então a manha que dura ainda hoje, na igreja e no estado, de amaciar a cabeça com toda a espécie de bajulação, para devorar o corpo.
Foi a mudança da Sé o ponto que o novo prelado escolheu para exibir-se, e mostrar a suas ovelhas o pulso com que tangia o cajado apostólico.
A cidade de São Sebastião, que então era simplesmente "leal", pois não havia ainda praticado o insigne heroísmo de receber D. João VI e a sua corte de validos: a futura capital do reino unido e depois, do grande império, formava naquela época uma só freguesia, cuja matriz era a velha Igreja de São Sebastião, do orago da cidade e de sua primitiva fundação.
Situada no cimo do Morro do Castelo, onde o seu esqueleto ainda em pé campeia sobre a baia, e onde assentou-se a primitiva povoação, a Igreja de São Sebastião, símbolo da expulsão dos franceses e conquista da terra, tinha para o povo fluminense um caráter legendário. Aí estavam, naqueles muros, arquivadas as primeiras e gloriosas tradições da sua cidade. Esse templo fora como o berço da religião para a nascente colônia.
Mas contra esse generoso sentimento do povo surgiu como sempre sucede, o fermento do egoísmo que subleva a camada superior da sociedade. Com o incremento natural da população, foi a cidade descendo das encostas da colina e estendendo-se pelas várzeas que a rodeavam, sobretudo pela orla da praia que cinge o regaço mais abrigado da formosa baía, e corre em face à Ilha das Cobras.
Aí, fronteiro ao ancoradouro dos navios, com o fomento do comércio, se ergueram as tercenas e os cais, onde não tardaram a agrupar-se em volta das casas das alfândegas e dos contos as lojas e armazéns dos mercadores. Após essas, embora já mais arredadas da beira-mar, vinham as outras classes trazidas pelo desejo de estarem mais próximas ao centro do povoado, onde é mais ativo o tráfego.
À medida que a cidade abandonava as alturas para se espraiar na planície, a Matriz ia ficando longe para os moradores do bairro mais povoado. As ladeiras do Castelo, principalmente a do Beco do Cotovelo, primam no íngreme da rampa, talhadas como foram pelo molde das escadinhas e ziguezagues de Lisboa e Porto. Galgar uma subida dessas, em horas de soalheira, e na força do verão, é uma estafa capaz de arrefecer a mais sincera devoção.
Solitária no alto do morro histórico, em face dos bastiões aluídos do antigo castelo roqueiro; já isolada das residências do governador e ministros de El-Rei, outrora grupadas em torno dela, começou a velha Sé a ser desdenhada. Com exceção dos carolas e das beatas, a quem não faziam mossa nem o sol, nem a chuva, os fiéis buscavam de preferência para seus atos de devoção algum templo mais próximo; e só iam à Matriz nas festas da municipalidade ou para atos paroquiais.
Com a sagração da Igreja de São José, que se acabara de construir, foi a velha Sé despojada de sua proeminência política; pois o Senado, por sugestão do governador e a empenho dos principais moradores, começou a celebrar "as festas do Estado", como então se chamavam as nacionais, em o novo templo. que ficava na melhor posição.
Então caiu a Matriz em completo abandono e desleixo, não conservando de sua primazia, como casa paroquial. mais do que um nome vão. Ao próprio domingo já não concorriam fiéis à missa paroquial; corriam os banhos e liam-se as excomunhões, para as paredes, que não havia na igreja viva alma. As festas da Páscoa e do Natal, únicas entre as anuais, que ainda ali celebravam-se, para terem quem as assistisse, levava o vigário a sua negralhada. que o acompanhava mal contente por se ver privada de ir ao Colégio dos Padres ou a São Bento, onde havia. outra pompa.
Estavam as cousas neste ponto, quando empunhou o báculo o Doutor Almada; e visto por ele e examinado o caso, resolveu logo mudar a Sé para a ermida do patriarca São José.
Mal constou a determinação, assanharam-se os homens da governança, despeitados com o prelado pela arrogância com que este dispunha em negócio de tanta monta e tão do interesse do povo, sem ouvir seus procuradores e conselheiros.