Por ordem de seus superiores veio o Irmão José, ao Colégio da Bahia a tomar Ordens, que lhe deu o Bispo Dom Pero Leitão, com muita consolação sua por se conhecerem do tempo dos estudos de Coimbra, e já então entre os estudantes, haver grande conceito de sua virtude.
No ano de mil quinhentos sessenta e sete tornou o Padre José para a Capitania de São Vicente em companhia do Padre Inácio de Azevedo, que governava a província com título de visitador, e do mesmo Bispo Dom Pero Leitão, que ia visitar as partes do sul, por ainda então não haver administrador, a cujo cargo hoje estão.
Começou o Padre José daí por diante a exercitar os ministérios da Companhia com mais autoridade e fruto, usando de admoestações públicas com muito zelo, e de secretas com muita brandura, com que reduzia os pecadores ao caminho de sua salvação. Nem se esquecia da caridade com os índios; antes os ajudava mais no espiritual, e defendia no temporal, como em outra parte se dirá
Daí a alguns tempos sucedeu que dois homens de consciências largas e de nome entre o gentio contrário, temendo o castigo de suas graves culpas, se levantaram e com suas famílias se foram meter com os gentios inimigos, pelo que com razão se temia não viessem com pode de gente a destruir a Capitania. Vendo o Padre José que não havia contra este perigo forças humanas, e confiado só nas de Deus, se determinou de ir em pessoa, a buscar os alevantados, e reduzi-los à obediência do seu capitão, levando-lhes largos perdões de todo o passado. Foi com ele o Padre Vicente Rodrigues e outros homens e um índio mui esforçado, que depois de Deus foi todo o remédio de sua vida, no perigo em que se viu.
Tinham navegado por rios oito dias, em uma canoa de casca. São estas inteiriças, de grossura de um bom dedo polegar, mas têm um mal que, em se alagando, se vão ao fundo sem mais aparecerem, o que não têm as de pau, que por mais que se alaguem ou virem, nunca se vão ao fundo.
Chegaram os navegantes a uma cachoeira ou salto do rio por onde navegavam a remo, e os padres iam rezando as hora de Conceição de Nossa Senhora, senão quando se vão todos ao fundo com a canoa, em altura de quatro ou cinco braças de água, mas todos saem a nado, só o bom Padre José não aparece.
Não sofreu o coração ao índio deixar ali o padre, sem saber o que era feito dele. Mergulha e anda-o buscando por bom espaço de tempo, e não o achando, vem-se acima tomar fôlego e descansar um pouco. Deita-se outra vez de mergulho, e quer Deus que o ache, assentando no fundo. Pega dele pela roupa, e o padre deixa-se vir sem aferrar do índio, e desta maneira vem acima são e salvo, com suma alegria e satisfação dos presentes. Esteve debaixo da água obra de meia hora, não desacordado, antes muito em seu juízo, lembrando-se de três coisas, como depois dizia: de Jesus, e da Virgem puríssima sua Mãe, e de não beber água como de fato não bebeu.
Não se acabaram aqui os trabalhos daquele dia, porque era já noite e chovia, e acharam— se em um mato espesso, sem fato para mudar, nem coisa para comer, nem fogo com que se enxugar, nem uma choupana em que se meter, nem caminho que seguir; finalmente faltando todo o remédio humano, lhes acudiu o Senhor, porque, andando assim às apalpadelas um pedaço de mato, foram dar nas mesmas casas dos homens que iam buscar. Os quais vendo os padres tão maltratados, de tal maneira se lhes mudaram os corações que, lançados aos pés do Padre José, com muitas lágrimas diziam: ainda padre, meus pecados haviam de abrange V. R. ? Recolheram-nos logo em suas choupanas, e os proveram de todo o necessário com muita caridade. E vendo o perdão que lhes levava, e o trabalho que por eles tomara tão arriscado, foi fácil acabar com eles se tornassem para São Vicente. Porém dali a um ano, sucedeu um grave desastre; e foi que um destes homens fez por vezes instância ao capitão, lhe desse licença para se tornar ao sertão, que lhá negou por justas causas, o que le tomou tão mal que tratou ao capitão com palavras descomedidas e afrontosas, pelo que um filho do capitão o matou com uma flechada, de que logo acabou sem confissão.
Notaram algumas pessoas, o dia e acharam que foi a morte dali a um ano, no mesmo dia em que Deus por meio do padre o tirara do sertão, e do mau estado em que lá vivia. E atribuiu-se a justo castigo de Deus, por estimar em pouco a mercê que lhe fizera.