Livro Primeiro editar
- Capítulo I: Das capitanias da Bahia e Pernambuco
- Capítulo II: Das capitanias dos Ilhéus, Porto Seguro, Espírito Santo e São Vocente
- Capítulo III: Das primeiras missões que se fizeram de pessoas da Companhia, ao Estado do Brasil
- Capítulo IV: Da entrada do Padre José na Companhia e vinda ao Brasil
- Capítulo V: Como leu latim e fez a arte da língua brasílica e dos maromoris
- Capítulo VI: Da Fortaleza dos franceses no Rio de Janeiro e guerra do gentio Tamoio, contra os postugueses na capitania de São Vicente
- Capítulo VII: Vai o Padre Manuel da Nóbrega com o Irmão José a fazer as pazes com os contrários
- Capítulo VIII: De como o Padre Manuel da Nóbrega deixa só em reféns ao Irmão José, e se concluem as pazes
- Capítulo IX: Compõe o Padre José a vida de Nossa Senhora em verso e outras obras
- Capítulo X: Da vinda do terceiro governador geral Mem de Sá à Bahia, e da tomada da fortaleza que os franceses tinham no Rio de Janeiro
- Capítulo XI: Conquista do Rio de Janeiro pelo capitão-mor Estácio de Sá, e depois pelo mesmo governador Mem de Sá
- Capítulo XII: Do índio chamado Martim Afonso, e da tomada da nau francesa no Cabo Frio
- Capítulo XIII: Da ida do Padre José ao sertão e naufrágio em um rio
- Capítulo XIV: Como foi feito provincial
- Capítulo XV: Da morte e sepultura do Padre José
Livro Segundo editar
- Capítulo I: De sua oração e devoçãO
- Capítulo II: de sua mortificação, pobreza, castidade, obediência ==
- Capítulo III: De sua mansidão, paciência e humildade
- Capítulo IV: De sua caridade com os próximos em coisas temporais
- Capítulo V: Da caridade com os próximos, e bem espiritual deles
- Capítulo VI: Da conversão do gentio do Brasil e do velho Adão
- Capítulo VII: De outros dois casos que na praia de Nossa Senhora aconteceram
- Capítulo VIII: Do respeito que tinham ao padre pessoas de autoridade
- Capítulo IX: Das ocupações dos padres da companhia que residem com os índios em suas aldeias
Livro Terceiro editar
- Capítulo I: De coisas que sucederam longe donde o Padre José estava
- Capítulo II: Prossegue a mesma matéria com outros exemplos — uma faca perdida
- Capítulo III: Doutros exemplos em matéria de pescaria e chuva
- Capítulo IV: De outros maravilhosos exemplos
- Capítulo V: De profecias de coisas que estavam por vir
- Capítulo VI: Prossegue a mesma matéria com outros exemplos raros
- Capítulo VII: Do que passou com um pedreiro deste colégio. Profetiza a João Fernandes que há de ser religioso
- Capítulo VIII: Diz missa por dois defuntos nos mesmos dias em que faleceram, mui longe de onde ele estava
- Capítulo IX: Parece que conhecia os pensamentos daqueles com quem tratava. Profecias
Livro Quarto editar
- Capítulo I: De coisas maravilhosas tocantes à sua pessoa
- Capítulo II: De milagres sobre enfermos
- Capítulo III: Em que se prossegue a mesma matéria
- Capítulo IV: Do barril de azeite e de duas tempestades
- Capítulo V: Da água convertida em vinho e do índio ressuscitado
- Capítulo VI: Alcança ao Padre Francisco Pinto súbita saúde, e lhe profetiza morte violenta por martírio
- Capítulo VII: De como obedecem as aves ao Padre José
- Capítulo VIII: Obedecem ao Padre José as onças, bugios e víboras, e do caso raro da maré
- Capítulo IX: Do resplendor e música do céu