Determinando El-Rei de Portugal, dom João o terceiro, mandas a estas partes do Brasil a Tomé de Sousa, por Governador Geral, houve que, para satisfazer com o santo zelo que tinha de procurar o bem espiritual de seus vassalos, nas províncias sujeitas à sua Coroa, era necessário enviar, com ele juntamente, alguns religiosos, para conservarem nos costumes cristãos aos portugueses, e darem princípio à conversão, e conhecimento do Santo Evangelho, ao gentio.
E lembrado do muito que na Índia Oriental faziam em ambas estas empresas, o santo padre Bato Francisco Xavier, e outros padres da Companhia, que naquelas partes andavam, os quais ele também enviara havia já alguns anos, pediu ao Padre Mestre Simão, Provincial em Portugal, alguns padres para esta missão, e particularmente insistiu lhe desse para Superior de todos o Padre Manuel da Nóbrega, e quis fosse ele o primeiro que declarasse a fé de Deus Nosso Senhor neste Estado, porque o conhecia e estava bem inteirado de sua virtude e letras, já do tempo que estudara em Coimbra, antes de ser religioso, quando o doutor Navarro o apregoava pelo menor de seus discípulos.
Andava neste tempo o Padre Manuel da Nóbrega pelo Reino fazendo muito serviço a Deus, no bem das almas, com pregar, confessar e fazer os mais ministérios de que a Companhia usa para este fim. Foi logo mandado vir, mas por mais diligência que se fez, já as naus com o Governador eram partidas, com cinco da Companhia, todos debaixo da obediência do Padre Manuel da Nóbrega, ausente. Ficou só a nau do provedor-mor, Antonio Cardoso de Barros, esperando pelo padre, e tanto que chegou se partiu, e foi alcançar a frota no mar, com grande alegria do Governador, dos padres e de toda a armada. De maneira que a primeira missão dos padres da Companhia que se fez a estas partes, foi à petição del Rei dom João, e por ordem do nosso beato Padre Inácio de Loiola, fundador e primeiro Geral da Companhia.
Partiu a armada de Lisboa no ano de mil quinhentos e quarenta e nove, no primeiro dia de fevereiro, que é dia do santo bispo e mártir Inácio. Vinham nela seis da Companhia: o Padre Manuel da Nóbrega, o Padre Leonardo Nunes, o Padre João de Aspilcueta Navarro, sobrinho do Doutor Navarro, o Padre Antonio Pires e os irmãos Vicente Rodrigues e Diogo Jácome.
No ano seguinte, de mil quinhentos e cinqüenta foram enviados de Portugal, para ajudarem aos obreiros desta vinha, quatro sacerdotes: Salvador Rodrigues, Francisco Pires, Manuel de Paiva e Afonso Brás.
Padre Luis da Grã editar
Depois sendo informado ao Padre Miguel de Torres, visitador da Província de Portugal, da falta que havia nestas partes de pessoas da Companhia, para as muitas ocupações que tinham, e novas empresas da conversão a que era necessário acudir, declarou por Superior da terceira Missão, ao Padre Luis da Grã, que fora reitor do Colégio de Coimbra, e nestas partes do Brasil foi o segundo provincial.
Deram-lhe por companheiros dois padres e quatro irmãos: os Padres Brás Lourenço e Ambrósio Pires, os irmãos Gregório Serrão, João Gonçalves, Antonio Bláques, e José de Anchieta, que era o mais moço de todos. Partiram de Lisboa a oito de maio de mil quinhentos e cinqüenta e três anos, chegaram à Bahia aos treze de julho do mesmo ano, em companhia do segundo Governador Geral, Dom Duarte da Costa, que os tratou na viagem com muita benignidade e respeito.